По штатной программе расхождения объектов двигатели транспортного корабля отработали импульс на увод и ТГК «Прогресс МС» отошел от стыковочного отсека «Пирс» (СО-1) российского сегмента МКС.

В соответствии с расчетами специалистов службы баллистико-навигационного обеспечения Центра управления полетами (ЦУП), маршевый двигатель ТГК «Прогресс МС» был включён на торможение в 10:00 мск, после чего корабль сошёл с орбиты. Падение несгоревших в атмосфере элементов конструкции грузового корабля произошло в заданном районе несудоходной части акватории Тихого океана. Транспортный грузовой корабль «Прогресс МС» находился в составе орбитальной станции с 23 декабря 2015 года.