Después de horas de haber intenteado negociar con Máximo Cajal, embajador de España, y autoridades guatemaltecas que no respondieron las llamadas telefónicas, un grupo numeroso de las fuerzas de seguridad fuertemente armados irrumpieron en la Embajada, rompieron puertas y ventanas y escalaron los balcones hasta llegar al techo. Cajal insistió en convencer a la Policía de que desistiera de cualquier acción, sin obtener respuesta.

A las 15.20 horas, aún sin explicarse comienza a incendiarse el edificio. En el lugar mueren 37 personas, entre ellos los ocupantes, diplomáticos españoles y trabajadores. Únicamente tres personas sobrevivieron a la masacre: el embajador Cajal, Aguirre Godoy y el campesino Gregorio Yujá Xoná. Éste último sería secuestrado al día siguiente del hospital Herrera Llerandi y posteriormente asesinado. Su cuerpo fue abandonado en el campus de la Universidad de San Carlos.

El siniestro ocurrió durante el régimen del general Fernando Romeo Lucas García, quien fue señalado en la masacre. También fueron acusados Donaldo Álvarez Ruiz, quien a la fecha se encuentra prófugo; Germán Chupina Barahona, ex director de la extinta Policía Nacional, ya fallecido, el gneral Óscar Humberto Mejía Victores y Pedro García Arredondo, jefe del comando seis de la Policía.

De los anteriormente mencionados, únicamente García Arredondo, quien fue encontrado culpable de la muerte del estudiante Edgar Sáenz Calito en 2011, fue procesado por la masacre.

El juicio inició el 1 de octubre de 2014 y acaparó la atención nacional e internacional por la trascendencia del caso.

El 19 de enero de 2015, por unanimidad, el Tribunal B de Mayor Riesgo determinó que García Arredondo ejecutó órdenes de superiores que dejaron como resultado la muerte de 37 personas en la sede diplomática en 1980 se le aplicó la pena de 90 años de prisión. También fue declarado responsable de la muerte de dos estudiantes que dos días después participaban en el velatorio de las víctimas del incendio.

García Arredondo insistió en su inocencia y que no se pudo probar su responsabilidad en el hecho.

El embajador español Máximo Cajal y López, dió su testimonio en la Audiencia Nacional Española el 25 de abril de 2012 el cual fue transmitido por videoconferencia en un Juzgado  de Guatemala. Cajal dijo que intentó negociar con las autoridades  para evitar una tragedia pero no hubo respuesta. “Cuando la Policía rompe la puerta de mi despacho empieza el fuego y no recuerdo cómo se produjo… entonces decidí salir y logré sobrevivir”, dijo el diplomático. La Policía iba armada “hasta los dientes”, llevaba hachas, revólveres y metralletas.

La Policía lo llevó a un furgón y lo mantuvo retenido por unos 20 minutos y ahí escucha los gritos de las personas que se estaban quemando y nadie las auxilió, ya que ni a los bomberos dejaron ingresar, puntualizó. Cajal falleció en España el 3 de abril de 2014.