La Consejería de Presidencia, Sanidad y Emergencias de la Junta de Andalucía presentó en el 16º Congreso Global de Identificación Microbiana (GMI16), que se celebró en Túnez los días 24 y 25 de septiembre, la experiencia de Sistema Integrado de Epidemiología Genómica de Andalucía (Siega), una plataforma de vigilancia de enfermedades infecciosas basada en la secuenciación del genoma completo que Andalucía desarrolla desde 2020 y que actualmente cuenta con más de 11.600 secuencias propias.

La plataforma, impulsada por la Secretaría General de Salud Pública y Promoción de Salud, integra en la actualidad 11.681 secuencias genómicas, correspondientes a once patógenos y otros agentes objeto de vigilancia, entre los que se encuentran bacterias causantes de enfermedades de transmisión alimentaria, como Salmonella, Listeria y Campylobacter; agentes ambientales como Legionella, y patógenos de relevancia clínica como Mycobacterium tuberculosis. Siega incorpora también la vigilancia del VIH, con más de 7.400 secuencias recogidas desde 2012, según ha concretado el Gobierno andaluz en una nota. A estas secuencias se suman las aportadas por los dominios de la Generalitat de Cataluña y la Generalitat Valenciana, así como por la Agencia Española de Seguridad Alimentaria y Nutrición (Aesan), lo que sitúa por encima de 12.800 el número de secuencias integradas en la red conjunta.

La secuenciación del genoma completo permite, al comparar cientos o miles de genes de cada cepa, determinar con precisión milimétrica si dos bacterias son idénticas o prácticamente idénticas, lo que indica una cadena de transmisión activa, o si simplemente pertenecen al mismo serotipo sin relación epidemiológica. De este modo, puede contribuir a identificar agrupaciones de casos que no resultan evidentes mediante los sistemas tradicionales de vigilancia.

Este modelo permite, por ejemplo, detectar una posible relación entre un caso clínico humano y una fuente animal o alimentaria, como una explotación ganadera, un producto distribuido en el mercado o un lote de alimentos. La incorporación de la información genómica "facilita así la investigación de los brotes y el establecimiento de vínculos epidemiológicos con mayor rapidez".

El modelo desarrollado inicialmente por Andalucía se ha extendido a tres comunidades autónomas -Andalucía, Cataluña y Comunitat Valenciana- y a Aesan, que utiliza la plataforma en el ámbito de la vigilancia genómica relacionada con la seguridad alimentaria a escala nacional.

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La experiencia de Siega se presentó en el GMI16, que reunió a organismos y centros de referencia de distintos países con la participación de instituciones como la Administración de Alimentos y Medicamentos de Estados Unidos (FDA), los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades (CDC), la Autoridad Europea de Seguridad Alimentaria (EFSA), el Centro Europeo para la Prevención y el Control de las Enfermedades (ECDC) y la Organización Mundial de la Salud (OMS).