Eltd :
Был куплен домен Б/У )))

След-но, учитывайте его историю.

Eltd :
Сделан сайти заведен в явм, появились страницы  от старого владельца 12 штук

Да, это вполне типичное поведение домена у которого были рабочие страницы.

Eltd :
через 404 отбиваются

Совершенно верно, они (на новом содержании сайта) могут отдавать 404-ые ответы, но старое содержание могут присутствовать в индексе.

Eltd :
естественно  отправлены в явм на удаление, из 12 только 1 появилась в исключенных 6 сентября...

Да, удаляются не сразу, ждите.

Eltd :
Как быстрее очистить базу яшы

Никак. На ускорение процессов удаления старых страницы в пользовательском режиме повлиять нельзя.

Только отправить заявку на удаление.

Eltd :
а вот при забивании ключевых слов релевантных странице всегда выдает главную страницу , не релевантную запросу а главну,

А это уже вопросы ранжирования и их нужно проверять по фактическому содержанию.