Frozen88 :
планирую двигаться дальше по нескольким направлениям сразу и по каждому есть вопросы к тем, кто уже проходил этот путь и съел собаку):

Собак мы не едим, но не первый десяток лет в теме клиентского сопровождения :)

Судя по вопросам вы пока слишком узко рассматриваете задачи современного продвижения. Начинать надо не c отдельных разрозненных задач, а с разработки общей стратегии, продуктового анализа, УТП и оценки реальных шансов на трафик.

Это фундамент, который будет определять результирующий КПД. Ссылки и прочие приблуды - второстепенно.

Frozen88 :
1. Ссылочная стратегия. На данном этапе развития сайта как правильно и грамотно подойти к наращиванию ссылочной массы?

Грамотно - с учётом того, что для Яндекса ссылки - далеко не первостепенный фактор, для Яндекса важнее конверсионность и поведенческие (а это базируется на том, что я сказал выше).

Frozen88 :
Принципиально ли, чтобы ссылки были именно с тематических ресурсов или на старте это не так критично и можно брать более широкий пул площадок?

Строгой принципиальности нет.

Frozen88 :
Какая ссылочная стратегия должна быть у меня вкратце?

Вкратце - идёте в поиск, собираете материалы по реализации ссылочной стратегии - информации огромное кол-во.

Frozen88 :
Я правильно понимаю что мне нужна выгрузка из Ahrefs обратных ссылок конкурентов и на основе ее анализа можно будет подбирать площадки?

Если вы будете работать только под Гугл - актуально, если в приоритете Яндекс - нет.

Frozen88 :
2. Защита от ботов и DDoS. Стоит ли уже сейчас заморачиваться с защитой от черных поведенческих ботов и DDoS-атак

Да.

Frozen88 :
или можно отложить до момента, когда появятся реальные проблемы?

Можно и так, чтобы осознать эту разницу.

Frozen88 :
3. Когда запускать рекламу (Директ/РСЯ). На каком этапе развития сайта имеет смысл запускать рекламу в Директе и РСЯ? Есть ли смысл заходить рано, параллельно с мелкими доработками, или лучше дождаться, пока сайт «дозреет»?

Это сильно зависит от настроения бизнеса. Часто бизнесу нужно ещё вчера, поэтому коммерческий трафик стараются получить как можно быстрее.

Frozen88 :
4. ИИ чат-бот консультант. Задумался о внедрении чат-бота с ИИ на сайте, который бы знал матчасть, товары, категории, таксономии и через диалог, наводящими вопросами подводил клиента к покупке конкретного товара, обеспечивая индивидуальный подбор. У конкурентов я такого не видел, хочется привнести для клиентов что-то интересное, новое. Насколько это трудоёмко реализовать своими силами, у четом того что есть средний опыт только в вайбкоддинге? Какие есть готовые сервисы для этой задачи? Если делать самому с чего начать и на чём лучше реализовывать?

Вы задаете слишком глобальны вопросы, на каждый из вопросов можно рассуждать часами.

Если принципиально хотите ИИ чат-бота (хотя многих это только раздражает), поищите готовый сервис, их сейчас развелось огромное кол-во. Можете начать с изучения обзоров и рейтингов бизнес чат ботов.

Тут очень многое зависит от специфики бизнеса и тематики товаров. Без понимания того, что у вас за бизнес давать конкретные советы сложно.

Frozen88 :
5. РКН и обработка ПДн. Насколько серьёзно сейчас РКН относится к небольшим/средним магазинам?

На общим основания. Не нарушаете закон - претензий и проблем не будет.

Какой у вас магазин большой или маленький этим службам всё равно.