Налоговые органы могут потребовать от компании, утратившей статус участника проекта "Сколково", пересчитать налог на прибыль за весь год по общей ставке. Однако если с начала года компания не применяла освобождение участника проекта и одновременно отвечала условиям ИТ-льготы, у нее остаются аргументы для защиты своей позиции.

Здесь мне хотелось бы рассмотреть ситуацию, с которой столкнулись несколько ИТ-компаний, в одном обобщенном кейсе. И показать, что несмотря на сложность дела и позицию регулятора, остаются возможности для выхода из ситуации с минимальными финансовыми потерями.

Итак, ИТ-компания обладала статусом участника проекта "Сколково", но в начале 2026 года начала процедуру добровольного выхода из проекта. Фонд исключил организацию из реестра в том же налоговом периоде. При этом с 1 января 2026 года (анализируемый налоговый период) компания не использует освобождение от обязанностей налогоплательщика по налогу на прибыль, поскольку не заявляла освобождение ни в декларации за первый квартал, ни в декларации за полугодие, таким образом, налог рассчитывался в общем порядке по ст. 284 Налогового кодекса РФ.

Также на дату утраты статуса у компании действовала государственная аккредитация ИТ-компании, а доля профильных доходов составляла не менее 70%, что позволяло применять установленную пониженную ставку для аккредитованных ИТ-компаний – 5% в федеральный бюджет и 0% в региональный бюджет.

Налоговый орган по итогам камеральной проверки занял другую позицию. Инспекция уведомила компанию о том, что утрата статуса участника "Сколково" в действующем налоговом периоде означает, что налог на прибыль должен быть рассчитан по ставке 25% со ссылкой на требования специальных норм закона, применяемых к участникам проекта. Это означает необходимость миллионных отчислений в налоговую. Что же делать в такой ситуации и можно ли рассчитывать компании на защиту своей позиции? Разберем ниже.

Налоговое законодательство определяет, что при утрате статуса участника "Сколково" суммы налога за период, в котором право было утрачено, подлежат восстановлению с начислением пени. При этом законодатель в таком случае отсылает компанию к норме, закрепляющей общую ставку налога на прибыль.

Подчеркну, что с 1 января 2026 года для аккредитованных ИТ-компаний действует прямой запрет на применение льготной ставки, если организация имеет статус участника "Сколково". Данное событие заставило ИТ-сектор ускоренно принимать решение о выборе налоговой модели.

И в одном из кейсов организация выбрала путь оптимизации модели и, на начало налогового периода выполнив условия статуса аккредитованной ИТ-компании, в этот же момент подала декларацию без применения освобождения, предусмотренного для участников "Сколково", поскольку технически уже была на стадии выхода из проекта.

Такой технический переход, исходя из презумпции утраты статуса, установленного налоговым законодательством, по нашему мнению, позволяет трактовать ситуацию так: при отсутствии статуса участника проекта в соответствии с ретроспективностью формулировки специальной нормы и фактическом неиспользовании освобождения на компанию не распространяется запрет на ИТ-ставку.

Но при защите своей позиции организации следует учитывать подход, сформулированный Минфином России в письмах за 2025-2026 годы. В соответствии с ним компания, утратившая статус участника обсуждаемого проекта, применяет ИТ-льготу только со следующего налогового периода. Среди таких разъяснений – письма от 12 августа 2025 г. № 03-03-06/1/78068, от 18 февраля 2026 г. № 03-03-07/12137, от 11 марта 2026 г. № 03-03-07/19228, от 24 апреля 2026 г. № 03-03-06/1/34645 и от 30 июля 2026 г. № 03-03-07/65891. Логика ведомства понятна: налог на прибыль рассчитывается нарастающим итогом, а утрата освобождения распространяется на весь налоговый период и вытесняет все иные льготы, ввиду этого переход между двумя льготными моделями внутри одного года Минфин России не допускает.

Обычно рассматривается сценарий, при котором участник проекта фактически пользовался освобождением, а затем утратил право на него. Тогда восстановление ранее неуплаченного налога следует непосредственно из закона.

В представленной модели фактическая картина иная:

• компания сама начала выход из проекта в первые дни налогового периода;
• освобождение с 1 января компанией в декларациях не применялось;
• налог с начала года исчислялся по общим правилам;
• организация имела ИТ-аккредитацию и выполняла условие о доле профильных доходов.

Именно отсутствие фактически использованного освобождения, по моему мнению, дает основание поставить вопрос: можно ли "восстановить" налог, который компания изначально рассчитывала и уплачивала, не пользуясь льготой участника "Сколково"?

В этой конструкции необходимо еще дополнительно помнить о добровольном отказе от освобождения по специальному п. 5 ст. 246.1 НК РФ, где компания уведомила налоговую и юридически не являлась пользователем освобождения в налоговом периоде (либо уже ранее заявила о таком отказе), то само формальное наличие статуса участника позволяется ввиду формулировки нормы запрета применения ИТ-льготы, использовать последнюю.

На мой взгляд, в такой модели компания может отстаивать право на пониженную ставку для аккредитованных ИТ-организаций, хотя позиция остается спорной. Рассмотрим, какие аргументы она может привести в данном случае.

Наконец, неустранимые сомнения, противоречия и неясности законодательства о налогах и сборах толкуются в пользу налогоплательщика. Однако применимость этого принципа в конкретном споре будет зависеть от того, сочтет ли суд нормы действительно неоднозначными.

В начале года компания формально сохраняла статус участника "Сколково". Инспекция может посчитать одного этого обстоятельства достаточным для запрета ИТ-ставки на весь налоговый период. Такого же подхода придерживается Минфин России, не связывая возможность перехода на ИТ-льготу с датой прекращения статуса или фактом использования освобождения.

По моему мнению, проблема еще и в том, что судебная практика по сочетанию новых правил 2026 года, добровольного отказа от освобождения и его фактического неприменения пока не сформирована. Поэтому результат спора будет зависеть от толкования норм и от документов, подтверждающих последовательное налоговое поведение компании.

В подобных ситуациях компаниям нужно обращать внимание на то, что важно различать налог, пени и налоговую санкцию. И основной финансовый эффект правовой позиции заключается не в формальном "снижении штрафа", а в попытке обосновать ставку 5% вместо 25% при наличии оснований. Если в дальнейшем анализируемый выше подход будет принят инспекцией и ведомством, то уменьшится сумма возможного доначисления и, как следствие, размер пеней, а у компаний появится переходный период для выбора оптимальной налоговой конструкции.

Вопрос о штрафе решается отдельно, ведь значение имеют состав правонарушения, момент подачи уточненной декларации, уплата недоимки и пеней, а также наличие смягчающих обстоятельств. Поэтому обещать автоматическое сокращение всех начислений на одну и ту же величину некорректно.

Мне кажется, что всем, кто окажется в подобной ситуации и возмется оспаривать позицию регулятора, важно понимать, что одной правовой аргументации им будет недостаточно. Компании необходимо доказать, что она действительно не пользовалась освобождением участника проекта и с начала года последовательно действовала как плательщик налога на прибыль.

Ответ на требование инспекции следует строить на отличии фактических обстоятельств от типового перехода с освобождения на ИТ-льготу в середине года. Одновременно стоит рассчитать два сценария – по ставкам 5% и 25%, оценить возможные пени и сформировать резерв. Если инспекция сохранит свою позицию, решение можно обжаловать в вышестоящем налоговом органе, а затем в суде.

С 2026 года совмещать статус участника "Сколково" с пониженной ставкой для аккредитованных ИТ-компаний нельзя. Поэтому решение о выходе из проекта требует налогового моделирования до начала календарного года.

Важно помнить, что прекратить статус до наступления периода, с которого компания планирует применять ИТ-льготу, тоже не получится: утрата статуса участника исчисляется с 1 числа налогового периода. Поэтому, даже если компания оформит выход в начале года, то возникает риск получения требований от налогового органа по общей ставке за весь год. Согласно позиции Минфина Росс, иные льготы при соблюдении условий их применения компания может применять только с начала нового налогового периода.

Однако, как мы указывали выше, у ИТ-компаний есть аргументы, чтобы оспаривать позицию ФНС. Ведь реализованный ранний добровольный отказ от статуса, неприменение освобождения и фактическая уплата налога, руководствуясь общими правилами, создают особую совокупность обстоятельств. Конечно, их наличие еще не гарантирует победу, но позволяет аргументированно оспаривать механическое применение общей ставки.

В качестве дополнительного инструмента налоговой оптимизации возможно воспользоваться также заранее предусмотренным добровольным отказом от применения освобождения до начала налогового периода (п. 5 ст. 246.1 НК РФ), но это не исключает конфликт нормы с п. 5.1 ст. 284 НК РФ, где описывается налоговая политика исчисления налога на прибыль при утрате статуса участника проекта Сколково.

Утрата статуса участника "Сколково" может повлечь пересчет налога за весь налоговый период. Однако последствия нельзя оценивать только по дате исключения из реестра. Необходимо учитывать, пользовалась ли компания освобождением фактически, как она исчисляла налог с начала года и выполняла ли условия применения ИТ-ставки.

Важно помнить, что даже при устойчивой позиции Минфина России у налогоплательщика может сохраняться пространство для защиты. В каждом из таких случаев ключевую роль могут сыграть последовательность выбранной налоговой модели и документы, подтверждающие фактическое поведение компании.