В соответствии с программой полёта Международной космической станции 15 октября в 05 часов 14 минут 37 секунд по московскому времени(01:14:37 GMT) с космодрома Байконур осуществлён запуск автоматического грузового корабля «Прогресс М-03М». «Прогресс М-03М» должен доставить на МКС более 2400 килограммов различных грузов, в числе которых топливо, запасы сжатого кислорода, продукты питания, научная аппаратура, дополнительное оборудование для российского и американского сегментов станции, а также посылки для экипажа МКС. Ракета-носитель «Союз-У» вывела космический грузовик на орбиту с параметрами:

• минимальная высота над поверхностью Земли – 189,60 километра;
• максимальная высота над поверхностью Земли – 238,67 километра;
• период обращения –  88,53 минуты;
• наклонение – 51,68 градуса.

После отделения корабля «Прогресс М-03М» от последней ступени ракеты-носителя подмосковный ЦУП (г. Королёв) приступил к управлению его полётом. Расчётное время стыковки его со станцией – 18 октября в 05 часов 41 минуту (01:41 GMT).

18 октября 2009 года в 05 часов 41 минуту по московскому времени(01:41 GMT) осуществлена стыковка грузового корабля «Прогресс М-03М» с Международной космической станцией.

Грузовой корабль причалил к стыковочному узлу отсека «Пирс». «Прогресс М-03М» доставил на МКС более 2400 килограммов различных грузов, в числе которых топливо, кислород, продукты питания, научная аппаратура, дополнительное оборудование для российского и американского сегментов станции, а также посылки для экипажа. Стыковка была проведена в автоматическом режиме под контролем Центра управления полётами (г. Королёв Московской обл.) и экипажа.