17 июля 2016 года с космодрома БАЙКОНУР успешно стартовала ракета-носитель «Союз-У» с транспортным грузовым кораблем (ТГК) «Прогресс МС-03». Пуск был осуществлен в 00:41 мск со стартового комплекса площадки №31.

Почти через 9 минут после старта ТГК «Прогресс МС-03» отделился от третьей ступени РН «Союз-У» и приступил к выполнению программы полета по 2-х суточной схеме сближения с Международной космической станцией.

Расчётное время стыковки корабля с МКС 03:22 мск 19 июля 2016 года. Сближение транспортного корабля «Прогресс МС-03» со станцией и причаливание к стыковочному отсеку модуля «Пирс» планируется в автоматическом режиме под контролем специалистов Главной оперативной группы управления полетом российского сегмента МКС в ЦУП и российских членов экипажа МКС – Алексея ОВЧИНИНА и Анатолия ИВАНИШИНА.

Корабль доставит на Международную космическую станцию более 2,4 тонн различных грузов, в том числе: топливо, воздух, кислород, продукты питания, оборудование для поддержания функционирования станции и посылки для членов экипажа МКС.