Исходя из необходимости сохранения и дальнейшего развития в интересах независимой Украины научно-технического и производственного потенциала космической отрасли, его использования для решения социально-экономических проблем, 29 февраля 1992 года Указом Президента было создано Национальное космическое агентство Украины (НКАУ) при Кабинете Министров Украины

В соответствии с Указом Президента Украины "О Положении о Национальном космическом агентстве Украины" от 22 июля 1997 г., который дополнен Указами от 15 сентября 1998 г. и 29 мая 1999 г., Национальное космическое агентство Украины является специально уполномоченным центральным органом исполнительной власти, который обеспечивает реализацию государственной политики в области космической деятельности, осуществляет руководство порученной ему сферой управления, несет ответственность за состояние ее развития.

В 1999 г. был изменен статус НКАУ, в его подчинение были переданы более 20 предприятий и организаций, среди которых ГП "ГКБ "Южное" им. М.К Янгеля" и ГП "ПО "Южный машиностроительный завод им. А.М. Макарова". Тем самым была создана самостоятельная космическая отрасль народного хозяйства Украины.

Указом Президента Украины № 1085/2010 от 9 декабря 2010 года "Об оптимизации системы центральных органов исполнительной власти" Национальное космическое агентство Украины было переименовано в Государственное космическое агентство Украины.