Основной задачей миссии космического аппарата HISAKI является изучение атмосферы Венеры и Марса, что позволит объяснить историю их развития. Ученые планируют изучить явления потери атмосферы планетами под действием солнечного ветра. Данное исследование поможет выявить необходимые условия на планетах для удержания ими собственной атмосферы. Кроме того, в программу полёта телескопа входит наблюдение за спутниками Юпитера.

На аппарате установлены EUV спектрометр (extreme ultraviolet spectrometer) для проведения исследований в крайней УФ-области спектра и фотокамера для обеспечения точности наведения (guiding camera). Аппарат Hisaki является первым спутником-обсерваторией, предназначенным для проведения отдаленных наблюдений за планетами Солнечной системы. С его помощью будут проводиться исследования магнитосферы Меркурия, Юпитера и Сатурна, а также вестись изучение атмосферы Венеры и Марса. Планируется исследование крайнего ультрафиолетового света от спутника Юпитера Ио и изучение процесса преобразования энергии в плазменную среду Юпитера в ходе наблюдений за ионами серы, исходящими от Ио. Специалистов также интересует механизм утечки атмосферы Венеры и Марса в космос под воздействием сильного солнечного ветра на раннем этапе существования Солнечной системы. Программа Hisaki рассчитана на один год.