Полет грузового корабля «Прогресс МС-16» к Международной космической станции пройдет по двухсуточной схеме, стыковка к модулю «Пирс» российского сегмента запланирована на 17 февраля 2021 года в 09:20 мск. Причаливание планируется проводить в автоматическом режиме под контролем специалистов Центра управления полетами (входит в состав Госкорпорации «Роскосмос») и российских членов экипажа экспедиции МКС-64 — космонавтов Роскосмоса Сергея Рыжикова и Сергея Кудь-Сверчкова.
Новый «космический грузовик» везет с собой 600 кг топлива дозаправки, 420 литров питьевой воды системы «Родник» и 40,5 кг сжатых газов с дополнительными запасами азота, а также около 1 400 кг различного оборудования и материалов, включая ресурсную аппаратуру бортовых систем управления и жизнеобеспечения, укладки для проведения космических экспериментов, средства медицинского контроля и санитарно-гигиенического обеспечения, предметы одежды, стандартные рационы питания и свежие продукты для членов экипажей.
В грузовом отсеке также находится ремонтно-восстановительный комплект, состоящий из набора армирующих накладок с клеевым соединением, предназначенных для временной герметизации обнаруженных дефектов корпуса переходной камеры служебного модуля «Звезда». В рамках реализации российской программы научно-прикладных исследований на корабле находится оборудование для проведения следующих научных экспериментов:

укладки «Нейролаб» предназначены для проведения серии медицинских экспериментов «Пилот-Т» по изучению влияния факторов длительного космического полета на качество профессиональной деятельности космонавтов; материалы эксперимента «Асептик» позволят разработать средства обеспечения стерильности при выполнении биоэкспериментов в условиях космического полета; прибор «Фотобиореактор» будет использован для исследования возможности получения продуктов питания и кислорода из водорослей в условиях микрогравитации; аппаратура «Каскад» послужит лабораторией для разработки эффективных методов биотехнологического производства клеточных культур в условиях микрогравитации; пробники «Биодеградация» обеспечат мониторинг состава микроорганизмов в атмосфере МКС для изучения их влияния на конструкционные материалы в условиях космоса.

В данный момент на борту Международной космической станции работает экипаж 64-й длительной экспедиции в составе космонавтов Роскосмоса Сергея Рыжикова, Сергея Кудь-Сверчкова, астронавтов NASA Кэтлин Рубинс, Майкла Хопкинса, Виктора Гловера, Шеннон Уокер и астронавта JAXA Соичи Ногучи.